青岛市市南区人民检察院设有第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、检察业务管理部、政治部、办公室（新闻宣传办公室）等8个部门。
第一检察部负责对法律规定由人民检察院办理的除第二检察部承办案件以外的刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。
第二检察部负责对法律规定由人民检察院办理的破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。
第三检察部负责对法律规定由人民检察院办理的未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。
第四检察部负责民事、行政、公益诉讼检察工作。
第五检察部负责受理向人民检察院的控告和申诉。承办市南区人民检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。
